牙頜畸形不屬于典型的單基因遺傳病，但它卻有著明顯的家族遺傳傾向，屬多基因遺傳。牙頜器官的發(fā)育受遺傳和環(huán)境雙重因素的影響。一般來說頜骨的基本形態(tài)更多地受遺傳因素的制約，而牙列特征受環(huán)境因素的影響較大。

有些類型的錯牙合有更為明顯的遺傳傾向，如下頜前突、前牙開牙合。有人研究過德國皇族的家譜，發(fā)現(xiàn)連續(xù)九代都有下頜前突畸形出現(xiàn)。遺傳可能決定一個人頜面部的基本形態(tài)，但很多錯牙合畸形并不是天生注定會發(fā)生，而是在一些不利的環(huán)境因素的作用下逐漸形成的，所以不少牙頜畸形可以預防其發(fā)生，或阻斷其發(fā)展。