根據硬腭和軟腭部的骨質、黏膜、肌層的裂開程度和部位，多采用下列的臨床分類方法。

（1）軟腭裂：軟腭裂為軟腭裂開，但有時只限于腭垂。不分左右，一般不伴唇裂，臨床上以女性比較多見。

（2）不完全性腭裂：不完全性腭裂亦稱部分腭裂。軟腭完全裂開伴有部分硬腭裂：有時伴發(fā)單側不完全唇裂，但牙槽突常完整。本型也無左右之分。

（3）單側完全性腭裂：單側完全性腭裂的裂隙自腭垂至切牙孔完全裂開，并斜向外側直抵牙槽突，與牙槽裂相連；健側裂隙緣與鼻中隔相連；牙槽突裂有時裂隙消失僅存裂縫，有時裂隙很寬；常伴發(fā)同側唇裂。

（4）雙側完全性腭裂：雙側完全性腭裂在臨床上常與雙側唇裂同時發(fā)生，裂隙在前頜骨部分，各向兩側斜裂，直達牙槽突；鼻中隔、前頜突及前唇部分孤立于中央。

除上述各類型外，還可以見到少數非典型的情況；如一側完全、一側不完全；腭垂缺失；黏膜下裂（隱裂）；硬腭部分裂孔等。

除此之外，國內有些單位還有一種常用的腭裂分類法，即將其分為三度：

Ⅰ度：限于腭垂裂。

Ⅱ度：部分腭裂，裂開未到切牙孔；根據裂開部位又分為淺Ⅱ度裂，僅限于軟腭：深Ⅱ度裂，包括一部分硬腭裂開（不完全性腭裂）。

Ⅲ度：全腭裂開，由腭垂到切牙區(qū)，包括牙槽突裂，常與唇裂伴發(fā)。