移植物存活率很大程度上取決于供者和受者之間HLA型別相合的程度。在腎移植中，各HLA座配合的重要性依次為HLA-DR、HLA-B、HLA-A.近年來特別重視HLA-DP對移植器官長期存活的意義。在骨髓移植中，為預(yù)防嚴(yán)重的移植物抗宿主反應(yīng)（graft versus host reaction，GVHR），一般要求從同胞中選擇HLA全相同的個體作為供者。醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理此外，某些輸血反應(yīng)以及習(xí)慣性流產(chǎn)也與HLA不兼容所導(dǎo)致的排斥反應(yīng)有關(guān)。