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組成蛋白質的氨基酸按其α-碳原子上側鏈R的結構分為20種,20種氨基酸按R的結構和極性的不同有以下兩種分類方法。
(一)根據(jù)R的結構不同分類(見表1-1):
1.脂肪族氨基酸(包括棸被鶙羧基酸、一氨基二羧基酸、二氨基-羧基酸)。
2.芳香族氨基酸。
3.雜環(huán)族氨基酸。
4.雜環(huán)亞氨基酸。
(二)根據(jù)側鏈R的極性不同分為非極性和極性氨基酸
氨基酸的R基團不帶電荷或極性極微弱的屬于非極性中性氨基酸,如:甘氨酸、丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、脯氨酸。它們的R基團具有疏水性。
氨基酸的R基團帶電荷或有極性的屬于極性氨基酸,它們又可分為:
(1)極性中性氨基酸:R基團有極性,但不解離,或僅極弱地解離,它們的R基團有親水性。如:絲氨酸、蘇氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、谷氨酰胺、天門冬酰胺。
(2)酸性氨基酸:R基團有極性,且解離,在中性溶液中顯酸性,親水性強。如天門冬氨酸、谷氨酸。
(3)堿性氨基酸:R基團有極性,且解離,在中性溶液中顯堿性,親水性強。如組氨酸、賴氨酸、精氨酸。
這20種氨基酸都有各自的遺傳密碼,它們是生物合成蛋白質的構件,無種屬差異。在體內,一些特殊蛋白質分子中還含有其它氨基酸,如甲狀腺球蛋白中碘代酪氨酸,膠原蛋白中的羥脯氨酸及羥賴氨酸,某些蛋白質分子中的胱氨酸等,它們都是在蛋白質生物合成之后(或合成過程中),相應的氨基酸殘基被修飾形成的。還有的是在物質代謝過程中產生,如鳥氨酸(由精氨酸轉變來的等,這些氨基酸在生物體內都沒有相應的遺傳密碼。