與短萼黃連（變種）（Coptis chinensis var. brevisepala W. T. Wang et Hsiao）相關(guān)的變種有：

黃連（Coptis chinensis Franch.）

三角葉黃連（Coptis deltoidea C. Y. Cheng et Hsiao. ）

峨眉黃連（Coptis omeiensis (Chen) C. Y. Cheng ）

五葉黃連（Coptis quinquefolia Miq. ）

五裂黃連（Coptis quinquesecta W. T. Wang ）

云南黃連（Coptis teeta Wall. ）