黃芩的炮制方法是燙、蒸、或短時間水煮，以便破壞酶而保留其有效成分。但加熱時間從10分鐘到48小時不等，有些地區(qū)認為黃芩有小毒，須用冷水浸泡至色變綠去毒后再切制，名“淡黃芩”，但也有認為黃芩遇水變綠影響質(zhì)量，必須用熱水煮后切成飲片，以色黃為佳。按黃芩中有效成分為黃芩甙。試驗證明，黃芩遇冷水變綠色的原因是黃芩中的黃芩甙（Baicalin）被酶（Baicalinase）在一定溫度和濕度下酶解成黃芩素（Baicalein）（5，6，7一三羥基黃酮），由于鄰三羥基不穩(wěn)定，容易被氧化變綠。

藥理試驗證明：生黃芩、冷浸黃芩的抑菌能力較燙、煮、蒸的黃芩低。醫(yī)學教育網(wǎng)整理所以黃芩炮制的目的是破壞酶并使藥材軟化易切片，故以蒸（1小時）或煮（不超過10分鐘）為宜。北方以蒸或沸水略煮，“應以色黃為佳”，是符合科學道理的。