抗原的最大之一是其免疫效應(yīng)具有特異性（specificity），這種特異性在其免疫原性和反應(yīng)原性兩方面都表現(xiàn)得非常突出。例如傷寒桿菌誘導(dǎo)的免疫應(yīng)答只能針對傷寒桿菌；志賀桿菌不能誘導(dǎo)出對傷寒桿菌的免疫力，與抗傷寒桿菌抗體也不發(fā)生反應(yīng)。這就是傳統(tǒng)免疫學(xué)進(jìn)行免疫預(yù)防和免疫診斷的基本依據(jù)。

抗原的特異性與蛋白分子中的氨基酸種類醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)|搜集整理、排列順序、特殊基因和空間構(gòu)形等因素有關(guān)，甚至與其電荷性質(zhì)及親水性也有關(guān)系。但是其特異性不是平均地決定于整個分子，而是取決于分子表面幾個氨基酸殘基組成的特殊序列及其空間結(jié)構(gòu)，稱為表位（epitope）或抗原決定簇（antigenicdeterminant）。醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)|搜集整理正是這些表位被淋巴細(xì)胞識別而誘導(dǎo)免疫應(yīng)答，被抗體分子識別而發(fā)生抗原－抗體反應(yīng)，這是研究抗原特異性的基礎(chǔ)。