細胞的分選是通過分離含有單細胞的液滴而實現(xiàn)的。在流動室的噴口上配有一個超高頻電晶體，充電后振動，使噴出的液流斷裂為均勻的液滴，待測定細胞就分散在這些液滴之中。將這些液滴充以正負不同的電荷，當液滴流經(jīng)帶有幾千伏特的偏轉(zhuǎn)板時，在高壓電場的作用下偏轉(zhuǎn)，落入各自的收集容器中，不予充電的液滴落入中間的廢液容器，從而實現(xiàn)細胞的分離。

分選指標主要包括：分選速度醫(yī)學教育網(wǎng)|搜集整理、分選純度、分選收獲率及分選得率。

1.分選速度：指每秒可提取所要細胞的個數(shù)，目前臺式機的分選速度為300個/秒，大型機的最高分選速度可達每秒上萬個細胞。

2.分選純度：指被分選出細胞所占的百分比，一般臺式機和大型機的分選純度均可達到99%左右。

3.分選收獲率：指被分出細胞與原來溶液中該細胞的百分比。通常情況下，分選純度和收獲率是互相矛盾的，純度提高，收獲率降低，反之亦然。這是由于樣品在液流中并不是等距離一個接著一個有序地排著隊，而是隨機的，因此，一旦兩個不同細胞挨得很近時，在強調(diào)純度和收獲率不同條件下，儀器會作出取或舍的決定，因此，選擇不同模式要視具體實驗要求而定。

4.分選得率：是指從一群體細胞懸液中分辨出目的細胞的總量，再經(jīng)分選后獲得到目的細胞的實際得率。該得率與分選得速度密切相關。