不同的HIV-1亞型在編碼包膜蛋白的env基因的高度變異致使其包膜蛋白氨基酸序列改變，從而導(dǎo)致病毒對免疫攻擊的敏感性改變使其能逃脫免疫系統(tǒng)的監(jiān)視。Henderson等人根據(jù)對百余種不同株型的HIV-1gp120的一級結(jié)構(gòu)的分析發(fā)現(xiàn)，它的V3環(huán)36個氨基酸殘基中，只有在環(huán)基底部的2個半胱氨酸的殘基及附近的氨基酸殘基和頂部的GPG保持不變，其它部分則變異很大。有研究表明不同地區(qū)分離得到HIV-1毒株間的gp160蛋白氨基酸序列有20%以上的變異率，不同亞型遺傳及血清學(xué)上反應(yīng)存在明顯差異。1995年泰國發(fā)現(xiàn)2名HIV-1B亞型與E亞型合并感染者醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理，這一發(fā)現(xiàn)提示，一種HIV毒株激發(fā)機體產(chǎn)生的抗病毒免疫不能保護機體免受其它毒株侵襲，事實上，基于B亞型的侯選疫苗的人體實驗也發(fā)現(xiàn)其產(chǎn)生的抗血清很少能對其它亞型的HIV毒株有中和作用，細胞免疫方面的研究結(jié)果也表明，細胞毒性T淋巴細胞反應(yīng)也具有型特異性，因此，盡管有些證據(jù)表明存在亞型間的交叉中和抗體決定簇和交叉的細胞毒性T淋巴細胞反應(yīng)，但現(xiàn)有的任何候選疫苗是否能在接種者體內(nèi)誘發(fā)這些交叉中和抗體的產(chǎn)生都還未得到肯定的證實，因此，用針對單一毒株或亞型的HIV疫苗期望能用于預(yù)防其它各種亞型的HIV-1感染是不現(xiàn)實的。