按照抗原的生物來源和在生物體內(nèi)存在的位置進(jìn)行命名是一種自然的方法，可以將抗原分成無數(shù)不同的類型；這雖不是一種規(guī)范的分類方法，卻是一種十分實(shí)用的命名方式。例如小鼠MHC抗原、病毒表面抗原和細(xì)菌鞭毛抗原等。

另外，根據(jù)抗原的免疫效果還可以分成完全抗原和半抗原，或免疫原、變應(yīng)原和耐受原等；根據(jù)抗原與宿主的位置關(guān)系還可分成內(nèi)源性抗原和外源性抗原等。