應與各種出疹性傳染病、病毒感染、急性淋巴結炎、類風濕病以及其它結締組織病、病毒性心肌炎、風濕炎心臟炎互相鑒別。

　　本癥與猩紅熱不同之點為：①皮疹在發(fā)病后第3天才開始；②皮疹形態(tài)接近麻疹和多形紅斑；③好發(fā)年齡是嬰幼兒及較小兒童時期；④青霉素無療效。

　　本癥與幼年類風濕病不同之處為：①發(fā)熱期較短，皮疹較短暫；②手足硬腫，顯示常跖潮紅；③類風濕因子陰性。

　　與滲出性多形紅斑不同之點為：①眼、唇、無膿性分泌物及假膜形成；②皮疹不包括水皰和結痂。

　　與系統(tǒng)性紅斑狼瘡不同之處為：①皮疹在面部不顯著；②白細胞總數(shù)及血小板一般升高；③抗核抗體陰性。④好發(fā)年齡是嬰幼兒及男孩多見。

　　與嬰兒型結節(jié)性多動脈類的癥狀有很多相似之處，但皮膚粘膜淋巴結綜合征的發(fā)病率較多，病程產(chǎn)短，預后較好。這兩種病的相互關系尚待研究。

　　與出疹性病毒感染的不同點為：①唇潮紅、干裂、出血，呈楊梅舌；②手足硬腫，常跖潮紅及后期出現(xiàn)指趾端膜狀脫皮；③眼結膜無水腫或分泌物；④白細胞總數(shù)及粒細胞百分數(shù)均增高，伴核左移；⑥血沉及C反應蛋白均顯著增高。

　　與急性淋巴結炎不同之點為：①頸淋巴結腫大及壓痛較輕，局部皮膚及皮下組織無紅腫；②無化膿病灶。

　　與病毒性心肌炎不同之處為：①冠狀動脈病變突出；②特征性手足改變；③高熱持續(xù)不退。

　　與風濕性心臟炎不同之處為：①冠狀動脈病變突出；②無有意義的心臟雜音；③發(fā)病年齡以嬰幼兒為主。