關(guān)于肝性腦病的發(fā)病機理至今尚未完全闡明。肝性腦病時腦的形態(tài)變化，在急性型除少數(shù)可見腦水腫外，大多無特殊的病理形態(tài)變化；而在慢性型，特別是有反復(fù)發(fā)作史的患者，通常可見明顯的星形細胞肥大和增生；在少數(shù)的慢性型特殊病例，可見腦神經(jīng)元變性和髓鞘脫失現(xiàn)象。由于星形細胞的生理意義還不完全清楚，因此在目前，還很難以腦的形態(tài)變化來解釋肝性腦病的發(fā)生機理，腦的形態(tài)變化和功能變化之間的關(guān)系，也還有待進一步的研究。目前認為，肝性腦病時中樞神經(jīng)系統(tǒng)的機能障礙主要是代謝性的或功能性的，是多種發(fā)病因素綜合作用的結(jié)果。一般認為與下列因素有關(guān)。

　　血氨增多（氨中毒學說theory of ammonia intoxication）正常人血氨濃度低于100微克%，80－90%的肝性腦病的病人，有血氨升高，有的增高到正常人的2-3倍以上（200－500微克%），而且有時還可看到血氨增高與神經(jīng)精神癥狀嚴重程度相平行。給動物注入氨化銨可引起中樞神經(jīng)系統(tǒng)機能障礙。因此血氨增多，可能是肝性腦病發(fā)生的一個重要因素。

　　正常血氨的主要來源、①組織代謝過程中形成的氨，包括氨基酸脫氨基過程中產(chǎn)生的氨以及腎小管上皮細胞內(nèi)的谷氨酰胺經(jīng)谷氨酰胺酶水解產(chǎn)生的NH3.由腎小管上皮細胞產(chǎn)生的NH3，除了擴散到腎小管與H+結(jié)合形成NH4+，起著排NH4+保堿的作用外，也有部分氨彌散入血。②腸道內(nèi)形成的氨。未被吸收的氨基酸以及經(jīng)腸壁滲入腸腔的尿素，在大腸內(nèi)經(jīng)細菌產(chǎn)生的氨基酸氧化酶和尿素酶的作用，產(chǎn)生氨，由腸道吸收入血。正常對氨的處理，絕大部分在肝臟通過鳥氨酸循環(huán)形成尿素，再從腎臟排出和經(jīng)腸壁滲入腸腔，部分氨與谷氨酸合成谷氨酰胺。