在研究生命現(xiàn)象的機(jī)制時(shí)，需要從各個(gè)不同水平提出問題進(jìn)行研究。根據(jù)研究的層次不同，生理學(xué)研究可以分成三個(gè)水平。

一是關(guān)于生命現(xiàn)象的細(xì)胞和分子機(jī)制的研究。生理活動(dòng)的物質(zhì)基礎(chǔ)是生物機(jī)體，構(gòu)成機(jī)體的最基本結(jié)構(gòu)和功能單位是各種細(xì)胞，每一器官的功能都與組成該器官的細(xì)胞的生理特性分不開，例如肌肉的功能與肌細(xì)胞的生理特性分不開，腺體的功能與腺細(xì)胞的生理特性分不開，等等。然而，細(xì)胞的生理特性又決定于構(gòu)成細(xì)胞的各個(gè)物質(zhì)的物理化學(xué)特性，尤其是生物大分子的物理化學(xué)特性。例如心臟之所以能搏動(dòng)，是由于肌細(xì)胞中含有特殊的蛋白質(zhì)，這些蛋白質(zhì)分子具有一定的結(jié)合排列方式，在離子濃度的變化和酶的作用下排列方式發(fā)生變化，從而發(fā)生收縮或舒張的活動(dòng)。因此，對(duì)心臟功能的功能的研究需要在肌細(xì)胞和生物大分子的水平上進(jìn)行。這類研究的對(duì)象是細(xì)胞和它所含的物質(zhì)分子，可稱為細(xì)胞和分子水平的研究。這方面的知識(shí)稱為普遍生理學(xué)或細(xì)胞生理學(xué)。

二是關(guān)于機(jī)體內(nèi)各器官和系統(tǒng)的功能的研究。這方面的研究著重于闡明器官和系統(tǒng)對(duì)于機(jī)體有什么作用，它是怎樣進(jìn)行活動(dòng)的，它的活動(dòng)受到哪些因素的控制，等等。例如，關(guān)于心血管組成的血液循環(huán)系統(tǒng)的生理功能研究，需要闡明心臟各部分如何協(xié)同活動(dòng)、心臟如何射血、血管如何調(diào)配血液供給、血管內(nèi)血液流動(dòng)的動(dòng)力和阻力、心血管活動(dòng)如何調(diào)節(jié)等規(guī)律。這類研究要對(duì)完整的心臟、血管和循環(huán)系統(tǒng)進(jìn)行觀察，是以器官和系統(tǒng)作為研究對(duì)象的，稱為器官和系統(tǒng)水平的研究。這方面的知識(shí)稱為器官和系統(tǒng)生理學(xué)。

三是關(guān)于機(jī)體內(nèi)各器官、系統(tǒng)的相互聯(lián)系和相互影響，以及機(jī)體與環(huán)境之間相互聯(lián)系和相互影響的研究。由于人體生理學(xué)的研究對(duì)象是人的機(jī)體，整個(gè)人體的生理活動(dòng)并不等于心、肺、腎等器官生理功能的簡單總和，而是在各種生理功能之間體現(xiàn)著彼此相互聯(lián)系、相互制約的完整而協(xié)調(diào)的過程。人的生理活動(dòng)還具有個(gè)體的特點(diǎn)，并且隨著個(gè)體生活條件的變異而不斷變化發(fā)展著。機(jī)體內(nèi)的這種聯(lián)系制約、變化發(fā)展的規(guī)律也是需要加以研究的。例如，在完整人體內(nèi)心臟搏動(dòng)的頻率和力量，會(huì)受體內(nèi)外環(huán)境條件、人體的健康情況以及情緒等因素的影響。在這里，研究的對(duì)象是整個(gè)機(jī)體，可稱為整體水平的研究。

生理功能雖然以細(xì)胞和分子特性為基礎(chǔ)，并服從于物理化學(xué)的規(guī)律，但生理學(xué)畢竟不等同于物理學(xué)和化學(xué)，它們既有細(xì)胞和分子水平的研究和科學(xué)規(guī)律，還有器官、系統(tǒng)和整體水平的研究和科學(xué)規(guī)律。要全面地理解某一生理功能的機(jī)制，必須從細(xì)胞和分子、器官和系統(tǒng)、以及整體三個(gè)水平進(jìn)行研究。