沙門氏菌侵入機(jī)體后發(fā)病與否取決于細(xì)菌的型別、數(shù)量、毒力及機(jī)體的免疫狀態(tài)。各型沙門氏菌的致病力差別明顯，如鴨沙門氏菌常引起無癥狀感染，豬霍亂沙門氏菌常引起敗血癥和遷徙性病灶醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集，鼠傷寒沙門氏菌多引起胃腸炎，亦可進(jìn)入血循環(huán)引起敗血癥。此外機(jī)體的免疫狀態(tài)也有重要作用。有人發(fā)現(xiàn)，攝入大量的沙門氏菌（105～106）才能引起健康人胃腸炎，而嬰幼兒、年老體弱、慢性疾病患者則少量沙門氏菌即可致病。胃酸減少，胃排空增快，腸蠕動(dòng)變慢、腸道菌群失調(diào)等，可增加沙門氏菌的感染機(jī)會(huì)。

沙門氏菌經(jīng)口腔進(jìn)入人體內(nèi)，克服了共生細(xì)菌的抑制和小腸粘膜吞噬細(xì)胞的作用，得以在腸道大量繁殖，從而引起局部微絨毛變性、粘膜固有層充血、水腫和點(diǎn)狀出血等炎癥反應(yīng)，分泌物增加，并使腸蠕動(dòng)增快，產(chǎn)生嘔吐、腹瀉等胃腸炎癥狀。如沙門氏菌直接侵犯腸內(nèi)集合淋巴結(jié)和孤立淋巴濾泡，經(jīng)淋巴管可達(dá)腸膜淋巴結(jié)及其淋巴組織，并大量繁殖，可發(fā)生類傷寒型。細(xì)菌偶可進(jìn)入血循環(huán)引起菌血癥、敗血癥及局部化膿性感染灶。