北京大學藥學院是全國重點藥學院（系）之一，也是國家最早建立的高等藥學院校之一，其前身是北京大學中藥研究所，始建于1941年。在此基礎上，1943年建立北京大學醫(yī)學院藥學系；1952年醫(yī)學院獨立建院，隨之改名為北京醫(yī)學院藥學系；1985年隨學校更名為北京醫(yī)科大學藥學院；2000年4月更名為北京大學藥學院。曾設本草、制藥、藥學、藥檢、藥物化學、生藥學、應用化學（醫(yī)藥）、藥理學等專業(yè)，現(xiàn)設藥學專業(yè)（六年制本碩連讀）。藥學專業(yè)于2007、2008年被批準為國家級、北京市級高等學校特色專業(yè)建設點，于2008年被批準為“國家理科基礎科學研究和教學人才培養(yǎng)基地”（簡稱理科基地）藥學專業(yè)點。北京大學藥學院是一個以培養(yǎng)研究型人才為目標的藥學院。

藥學院走過了半個多世紀的歷程，在學科建設、師資培養(yǎng)、教學、科研等方面都得到巨大的發(fā)展。曾培養(yǎng)出一大批科學家，是國內外藥學科學家培養(yǎng)的搖籃。至今藥學院已有四名教授遴選院士，其中王序教授、王夔教授、張禮和教授為中國科學院院士，樓之岑教授為中國工程院院士。

1943-1945年劉思職教授任系主任，1945-1947年陳同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院長，1988-1999年張禮和教授任院長。1999-2004年彭師奇教授任院長；2004-2005年劉俊義教授任常務副院長；2005年-今，劉俊義教授任院長。

藥學院由六系（化學生物學系，藥物化學系，天然藥物學系，藥劑學系，分子與細胞藥理學系，藥事管理與臨床藥學系）、一室（天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室）、一所（應用藥物研究所）、一中心（藥學實驗教學中心）組成。下設四個委員會：教學委員會、學術委員會、藥物研究與開發(fā)委員會、對外合作交流委員會。

北京大學藥學學科于2007年被認定為國家一級重點學科，在教育部2012年學科評估中排名第一，下有三個國家二級重點學科即藥物化學、生藥學及藥理學，一個衛(wèi)生部重點專科即臨床藥學和一個國家中醫(yī)藥管理局重點學科即中藥分析學。藥學學科是藥學博士后流動站和“大藥學”博士點，學院各二級學科均可招收博士生。學院現(xiàn)有7個碩士點、博士點即藥物化學、生藥學、藥理學、藥劑學、藥物分析學、化學生物學、臨床藥學。學院在校各類學生1515人，其中博士研究生173人、統(tǒng)招碩士研究生251人、在職申請學位研究生30余人、六年制本碩連讀學生636人、成人教育專升本學生454人。

學院注重師資隊伍的建設工作，逐漸形成了一支以學識淵博、治學嚴謹?shù)膶＜覍W者為核心的師資隊伍，其中包括中國科學院院士2名，國家“973”計劃項目首席科學家3名，“長江學者獎勵計劃”特聘教授3名，國家“青年入選者2人，中組部首批青年拔尖人才1人，國家杰出青年基金獲得者6名，教育部創(chuàng)新團隊4個，教育部跨世紀（新世紀）人才12名，國家優(yōu)秀青年科學基金獲得者4人，北京市科技新星計劃入選者4人，全國優(yōu)秀教師1名，北京市教學名師3名，北京市優(yōu)秀教師8名。學院現(xiàn)有在職職工179名，其中教授（研究員）41名、副教授（副研究員）52名，博士生導師44名、碩士生導師54名，具有博士學位的教師105名，占專任教師總數(shù)的75.5%，具有碩士學位的教師27名，占專任教師總數(shù)的19.4%.

學院以創(chuàng)建一流大學為目標，進一步轉變教育教學思想，更新“教與學”的觀念，狠抓教育質量。學院為適應高等教育教學改革的發(fā)展和社會對高層次藥學人才的需求，2001年經(jīng)教育部批準，北京大學藥學院在國內率先以大藥學一級學科招收六年制學—碩連讀學生，探索研究型藥學人才培養(yǎng)的全新模式，學院提出并實踐了藥學專業(yè)六年一貫制、學—碩融通的研究型創(chuàng)新人才的培養(yǎng)模式，在課程體系、教學內容、教學組織形式、實踐環(huán)節(jié)、學生思想建設等方面都進行了改革與創(chuàng)新，突破了舊有的模式，在教育教學上取得了顯著成績。近年來獲國家級教學成果二等獎1項、北京市教學成果一等獎2項、北京市教學成果二等獎1項、教育部“全國普通高等學校優(yōu)秀教材”二等獎1項、全國高等學校醫(yī)藥優(yōu)秀教材二等獎1項，有7部教材被評為北京市高等教育精品教材，有1門課程被評為國家級精品資源共享課；藥學實驗教學中心被評為北京市高等學校實驗教學示范中心和國家級實驗教學示范中心建設單位；承擔教育部新世紀高等教育教學改革工程項目1項、教育部世行貸款21世紀初高等教育教學改革項目醫(yī)藥類項目1項、國家“十五”重點立項課題子項目5項、北京市共建項目4項、中國高等教育學會‘十一五’教育科學研究規(guī)劃課題5項、中國高等教育學會醫(yī)學教育專業(yè)委員會藥學教育研究會立項課題6項、北京市創(chuàng)新性實驗計劃1項、教育部創(chuàng)新性實驗計劃4項，并于2008年獲準國家基礎科學人才培養(yǎng)基金能力提高項目的資助。

學院的科學研究主要集中在“三大疾病”即心腦血管疾病、腫瘤、老年性疾病；以及在核酸、寡糖、多肽和微量元素“四大內源性物質”和天然藥物等領域的基礎研究。以國家重點實驗室（天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室）為核心，重點學科（藥物化學、生藥學、藥理學）為依托，在核酸化學、多肽化學、糖化學、生物無機化學等方面積累了較雄厚的基礎，取得了國內領先、國際上有影響的成績，有些學科和研究成果已達到國際水平。

目前學院承擔著多項國家自然科學基金重大及重點項目、國家“973”計劃項目、國家“863”計劃項目、國家科技支撐計劃項目、國家科技重大專項項目以及省部級科研項目，參與了“211工程”及“985工程”建設。學院近年獲國家自然科學二等獎4項，省部級一等獎6項、二等獎23項、三等獎8項，其他獎20余項；近五年獲得發(fā)明專利85項，發(fā)表研究論文1422篇（其中被SCI收錄的950篇）。有1個抗腫瘤一類新藥被SFDA批準進入II期臨床研究，1個抗腫瘤的一類新藥和1個抗癲癇的一類新藥被SFDA批準進行臨床研究。2009年以來，藥學院積極面向國家重大需求，聯(lián)合學校有關新藥研發(fā)機構和企業(yè)，利用藥學、基礎醫(yī)學、生命科學、化學、計算機科學等綜合學科的優(yōu)勢和堅實的研究基礎，整合北大優(yōu)勢資源，承擔了國家“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項課題“北京大學綜合性創(chuàng)新藥物研究開發(fā)技術大平臺的建設”。構建從創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)至新藥研發(fā)整體環(huán)節(jié)，包括化學藥、中藥/天然藥、生物技術藥在內的創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)與研發(fā)體系，以提高學院新藥研究的自主創(chuàng)新能力，為國家實現(xiàn)從醫(yī)藥大國到醫(yī)藥強國的轉變貢獻力量醫(yī)學教育網(wǎng)編輯整|理。

學院已建立藥物篩選中心、核磁中心、液質中心、生物測試平臺、普通化學測試平臺等藥學分析測試技術平臺。擁有600M、500M、400M、300M核磁共振波譜儀、LC-MS液質聯(lián)用儀、高分辨質譜測試儀、EPS-300型電子自旋共振波譜儀、等離子表面共振儀、計算機輔助藥物設計工作站、毛細管電泳儀、全自動高通量藥物篩選機器人工作站、高內涵篩選儀、全自動膜片鉗系統(tǒng)、石英晶體微天平、全波長掃描式多功能讀數(shù)儀，小動物成像儀等藥物科學研究領域一流的大型測試儀器，為全�？蒲泻徒虒W提供技術保障，并向社會提供測試服務和專業(yè)技術培訓。

藥學院與國際國內科研院所、制藥企業(yè)有著廣泛的合作與交流。與美國、英國、法國、德國、日本、荷蘭等國家及港、澳、臺地區(qū)等十幾所大學或公司建立了友好合作關系，聘請外籍名譽教授4名、客座教授12名，對內、對外交流的擴大和加深促進了藥學院整體地位與水平的穩(wěn)步提高。