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由蛋白質組成的受體具有一定的三維空間結構。在藥物與受體的各原子或基團間相互作用時，作用的原子或基團間的距離對于相互間的引力有重要的影響。因此，藥物與受體原子或基團的空間互補程度愈大，則其特異性愈高，作用愈強。藥物中官能團間的距離、手性中心及取代基空間排列的改變、均能強烈地影響藥物受體復合物的互補性，從而影響藥物和受體的結合。

受體和藥物都是三維實體，因此，藥物也具有立體異構，即幾何異構和光學異構均對藥物活性有較大的影響。

幾何異構是由雙鍵或環(huán)等剛性或半剛性系統(tǒng)的存在所導致的分子內旋轉受到限制而產(chǎn)生的異構現(xiàn)象。幾何異構體的理化性質和生理活性都有較大差異。

光學異構是由于分子中存在手性中心，使兩個對映體互為實物和鏡像，除了將偏振光向不同方向旋轉外，兩者有著相同的物理性質和化學性質，但其生理活性則有不同的情況。在有些藥物中，光學異構體的藥理作用相同，但在多數(shù)藥物中，其左旋體和右旋體的生物活性并不同。藥物中光學異構體生理活性的差異反映了藥物與受體結合時對立體結構的要求較高。

一般認為，這類藥物需要通過三點與受體結合，例如：D-（-）腎上腺素通過下列三個基團與受體三點結合。

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