北京兒童醫(yī)院1988年進行住院醫(yī)師規(guī)范化培訓試點，2003年進行專科醫(yī)師培訓試點，試行3＋X培訓模式。自1988年以來，完成第二階段培訓的人員總數(shù)培訓人數(shù)218人；自1999年以來，完成第一階段培訓的人員總數(shù)109人，目前在培123人（包括本院104人、外院16人）。

北京兒童醫(yī)院現(xiàn)有2個衛(wèi)生部認可的培訓基地，即：兒內(nèi)科專科醫(yī)師培訓基地、兒外科�？漆t(yī)師培訓基地。基地實行主任負責制，兒內(nèi)科基地已從2003年接收來自非兒科培訓基地的學員，現(xiàn)累計達31人。本院的醫(yī)生也嚴格按北京地區(qū)兒科�？漆t(yī)師培訓細則的要求進行管理，內(nèi)科系統(tǒng)前3年不分專業(yè)，統(tǒng)統(tǒng)參加專業(yè)輪轉(zhuǎn)，待取得普通�？齐A段合格證書后再進行亞專業(yè)培訓。

兒內(nèi)科普通�？齐A段的培訓要求輪轉(zhuǎn)新生兒、消化、呼吸、心血管、血液、腎臟、神經(jīng)、ICU、感染、內(nèi)分泌及風濕、門急診等專業(yè)，每個專業(yè)3個月，還要輪轉(zhuǎn)保健、影像、心電圖各1個月。要求第1年住院醫(yī)師做24小時負責制，每晚參加夜巡診。

兒外科普通�？齐A段的培訓要求輪轉(zhuǎn)急癥、普外、燒傷整形、骨科、泌外、胸外、心外、神外、麻醉及重癥、新生兒、腫瘤等專業(yè)，每個專業(yè)2～3個月，還要輪轉(zhuǎn)門急診、影像（放射、超聲）。要求第1年住院醫(yī)師做24小時負責制。

培訓基地實行嚴格培訓與考核，每個專業(yè)輪轉(zhuǎn)結(jié)束時1個專業(yè)要參加出科考試；還要參加醫(yī)院組織的年度理論、外語和臨床技能考試。如在培訓期間遵守醫(yī)院的各項規(guī)章制度和科室管理，完成安排的專業(yè)輪轉(zhuǎn)、通過出科考核、年度考核和衛(wèi)生局組織的北京地區(qū)普通�？齐A段統(tǒng)考，每年病事假不超過15天，無醫(yī)德醫(yī)風和醫(yī)療差錯事故，即可取得衛(wèi)生部頒發(fā)的普通專科醫(yī)師培訓合格證書。

基地目前能解決遠郊區(qū)縣在培住院醫(yī)師的住宿，但隨著血液及腫瘤中心的建立，將面臨不能提供住宿問題，但可協(xié)助安排住宿。培訓基地能對在培訓期間提供一定的生活補貼。對外單位選送人員的生活津貼是按衛(wèi)生局文件下達的標準發(fā)放，即第1年500元、第2年600元、第3年700元。夜班費按實際出勤發(fā)放，法定節(jié)假日適當給予節(jié)日補貼。他們的工資由選送單位發(fā)放。

基地現(xiàn)無社會化招生的培訓學員。但曾于2004年招收社會化培訓學員1名，衛(wèi)生局下?lián)軐？?萬元/年，醫(yī)院用此款為培訓學員上四險，并每月發(fā)放工資1100元，加上額外補助生活費和夜班費，學員平均每月收入達1500元左右。由于個人原因，該學員未完成全部培訓中途退出。