南京市第二醫(yī)院于1996年6月由原南京市鐘阜醫(yī)院與南京市傳染病醫(yī)院合并組成。現(xiàn)為江蘇省唯一的三級(jí)傳染病醫(yī)院，同時(shí)是東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院，南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院 、南京醫(yī)科大學(xué)教學(xué)醫(yī)院，江蘇大學(xué)醫(yī)學(xué)院檢驗(yàn)系教學(xué)基地，徐州醫(yī)學(xué)院碩士生培養(yǎng)點(diǎn)。醫(yī)院分設(shè)鐘阜部（院機(jī)關(guān)所在地）和紫竹林部。占地共8萬(wàn)平方米，建筑面積5萬(wàn)多平方米，院內(nèi)樹(shù)木蔥蘢，百花爭(zhēng)艷，環(huán)境優(yōu)美，是一座典型的花園式醫(yī)院。

醫(yī)院現(xiàn)有職工746人，衛(wèi)技人員占75%，中級(jí)人員179人，高級(jí)專家兼職教授共63人。核定600張床位，分設(shè)16個(gè)病區(qū)。其中鐘阜部10個(gè)病區(qū)380張床位，主要收治各種法定傳染病和感染性疾病。設(shè)立肝病內(nèi)科、外科、婦產(chǎn)科、兒科、傳染雜病科、中西結(jié)合科、麻醉科等臨床科室。醫(yī)'學(xué)教育網(wǎng)|整理門(mén)診部設(shè)有相應(yīng)的專科及專家特色門(mén)診。紫竹林部設(shè)6個(gè)病區(qū)220張床位，主要收治腫瘤內(nèi)科、外科、老年病科以及社會(huì)區(qū)服務(wù)部。其門(mén)診部除設(shè)有相應(yīng)的�？仆�，還設(shè)有動(dòng)、寵物咬傷防疫門(mén)診，性病門(mén)診等。（現(xiàn)階段還保留傳染病應(yīng)急門(mén)診）

醫(yī)院擁有多種先進(jìn)的醫(yī)療設(shè)備，主要有CX—5大型全自動(dòng)生化分析儀、特定蛋白分析儀、血?dú)夥治鰞x、奧林巴斯胃鏡、西門(mén)子全身CT、帶電視系統(tǒng)的德國(guó)產(chǎn)800 mAX光機(jī)、美國(guó)產(chǎn)惠普彩超、鈷60治療機(jī)、X線模擬定位儀、腔內(nèi)后裝治療機(jī)、美國(guó)雅培肝炎診斷試劑及與此配套的自動(dòng)化酶標(biāo)儀等，可對(duì)各種疾病進(jìn)行準(zhǔn)確的檢測(cè)和診斷。

醫(yī)院十分重視醫(yī)德醫(yī)風(fēng)建設(shè)，多次榮獲：全國(guó)衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體、江蘇省文明單位、南京市文明單位、省行風(fēng)先進(jìn)單位。且連續(xù)奪得市十屆白求恩杯競(jìng)賽綜合大獎(jiǎng)第一名。