南方醫(yī)科大學藥學院是學校移交廣東省后新組建的學院，下設化學系、藥物化學系、藥劑學系、藥物分析學系、微生物與生化藥學系、藥理學系、藥物研究所、臨床藥理研究所、實驗中心和抗病毒研究中心。學院現有教師74名，其中67.6%具有博士學位，有教授10名，博士生導師8名，初步形成了一支年輕有為、朝氣蓬勃的師資隊伍。

學院為博士、碩士和學士三級學位授權點醫(yī)學教育|網搜集整理。其中，藥理學專業(yè)為國家教育部1998年批準為博士學位授權單位并在2007年批準為國家級重點學科。藥物化學、藥劑學和藥理學三個專業(yè)為碩士學位授權單位。同時還設有藥學本科專業(yè)，從2003年開始招收藥學本科生。多年來，已經培養(yǎng)出一大批以博士生、碩士生為代表的優(yōu)秀人才。