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南京中醫(yī)藥大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院是學(xué)校最大的一個(gè)教學(xué)科研機(jī)構(gòu)，由中醫(yī)基礎(chǔ)學(xué)科、現(xiàn)代醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)學(xué)科及部分公共基礎(chǔ)學(xué)科組成。全院共設(shè)10個(gè)教學(xué)科研單位，其中包括正常人體形態(tài)與功能學(xué)系、醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理人體疾病學(xué)與預(yù)防醫(yī)學(xué)系、生物與生化學(xué)系、中醫(yī)基礎(chǔ)學(xué)系、中醫(yī)方藥學(xué)系、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)學(xué)系、中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)系、數(shù)理學(xué)系8個(gè)學(xué)系，1個(gè)教學(xué)實(shí)驗(yàn)管理中心和1個(gè)中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究所。另外，還設(shè)有醫(yī)史博物館和南京中醫(yī)藥大學(xué)門診部。
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