| 會議日期 | 2018-01-24至 2018-01-28 |
| 會議地點 | 山東濟南 |
| 會議學科 | 基礎醫(yī)學動物醫(yī)學 |
| 主辦單位 | 中科云暢應用技術研究院 |
| 學分情況 | 無 |
一、培訓目標及特點：
本培訓以第三代測序、第四代測序技術的應用與數(shù)據(jù)分析、基因組、轉錄組為主題，精心設計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機實操課程。培訓邀請的主講人均是有理論和實際研究經驗的人員，學員通過與專家直接交流能夠分享到這些頂尖學術機構的研究經驗和實驗設計思路。學員通過集中專題學習后能夠擴展思路，在研究技術方面領悟更多。
二、培訓內容：
| 章節(jié) | 內 容 |
| 生物信息學介紹 | 生物信息學介紹與前沿技術動態(tài) |
| 序列的比對 | 1、全局比對 Clustalw,Muscle,Hmmer 2、局部比對 Blast, Sim4,Genewise 3、序列比對算法分析 |
基因組/基因注釋分析 |
1、新一代測序技術原理和數(shù)據(jù)處理介紹 2、基因組拼接與組裝 基因組de novo組裝方法 重復序列分析技術 3、 RNA分析 tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA RNA干擾，SiRNA預測技術 4、基因預測 原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus 5、 基因功能注釋及常用的數(shù)據(jù)庫介紹 |
| 基因組學研究概述 |
1、structural genomics: 結構基因組學 2、functional genomics: 功能基因組學 3、Drug discovery: 藥物研發(fā) 4、Personalized medicine：個性化、精細醫(yī)療 |
| DNA測序技術-轉錄組分析的進化 | 1、第一代測序技術：Sanger測序原理 2、第二代測序技術：Illumina，454, Ion Torrent原理 3、第三代測序技術：PacBio, Hellicos原理 4、第四代測序技術:Oxford NanoPore原理 5、其他技術Hybridization based methods （NabSys） |
| Experimental procedure for transcriptomic analysis | Introduction Number of duplications Sequencing coverage Transcriptomic analysis using NGS （RNA-Seq） Transcriptomic analysis using PacBio （Iso-Seq） IsoSeq Experimental design |
| Data analysis （part 1）：data pre-processing |
evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析 Data format，fasta，fastq，quality value，gff3Data cleanup Quality filter, trimmer, clipper |
| Data analysis （part 2）：reference free analyses（無參轉錄組分析） | Gene discovery Trinity de novo transcriptome assembly Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs） Abundance estimation using RSEM Differential expression analysis using EdgeR Explore the results （cummerbund） MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate （FDR） hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance,gene expression profiles. |
| 使用R語言進行生物信息學相關的分析 | 使用R語言相關的包對轉錄組等組學的高通量測序數(shù)據(jù)進行差異表達、富集分析等。 生物信息學專業(yè)圖KEGG、GO等的繪制方法與運用R語言進行實現(xiàn) |
| 基因組可視化軟件circos的使用 | 使用circos繪制基因組圈圖 |
| 生物信息學專業(yè)常用工具及繪圖方法 | 應用生物信息常用的工具進行專業(yè)繪圖及格式轉換； 學BioEdit、WeGO等常用生物學專業(yè)軟件的圖表及格式轉換 |
三、聯(lián)系方式：
報名電話：010-58032788
聯(lián)系人： 張愛國 咨詢電話：136 8311 1214
報名郵箱：zky_im@vip.126.com
了解培訓班的詳細情況，請聯(lián)系張愛國老師。
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