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皮膚：皮膚表面的微生物群落是人體的第一道屏障，主要有葡萄球菌、類白喉棒狀桿菌、綠濃桿菌、丙酸桿菌。它們參與著皮膚細(xì)胞代謝，起到了免疫和自凈的作用。

腸道：腸道的微生物生態(tài)系統(tǒng)很復(fù)雜，菌群生物量很龐大。在腸的不同部位，由于pH值、營(yíng)養(yǎng)狀況的不同，群群的種類分布有很大的不同。多數(shù)的腸道菌群屬共生類型，主要是厭氧菌，如雙歧桿菌、尤桿菌、消化球菌等，數(shù)量恒定存在，具有合成維生素、蛋白質(zhì)、生物拮抗等生理作用，起到保持宿主健康的作用。有一部分很少的致病菌在生理平衡狀態(tài)是不會(huì)危害宿主的，但如果數(shù)量超出正常水平就會(huì)致病。還有一類是介于這兩種類型之間的，如大腸桿菌、鏈球菌等，它們能產(chǎn)生毒素，具有生理作用和致病作用兩方面。

陰道：陰道的生態(tài)系統(tǒng)常駐菌有乳桿菌、表皮葡萄球菌、大腸桿菌等。乳桿菌黏附在陰道黏膜上皮細(xì)胞上，可產(chǎn)生酸性生存環(huán)境，對(duì)大腸桿菌、類桿菌、金黃色葡萄球菌有拮抗作用，對(duì)于保護(hù)自身健康和胎兒在妊娠期的衛(wèi)生有著重要的意義，是一道重要的生物屏障。

此外在外耳道、眼結(jié)膜、鼻咽腔、尿道等部位都會(huì)有正常菌群的分布。

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