新型隱球菌為圓形或卵圓形和酵母菌，一般為單芽，厚壁，有寬闊、折光性的膠質(zhì)樣莢膜。隱球菌大小相差很大，不包括莢膜一般直徑多在4～7μm左右。有些直徑可達20μm.周圍莢膜由粘多糖組成，厚約3～5μm.在HE染色組織切片中，隱球菌呈淡紅色，不易察見。用PAS反應(yīng)或愛先藍染色則清晰可見。

隱球菌在組織內(nèi)引起慢性炎癥反應(yīng)。病變與病期早晚有關(guān)，早期由于病原體產(chǎn)生大量莢膜物質(zhì)，病變呈膠胨樣。這些莢膜物質(zhì)能抑制粒細胞的趨向性和吞噬作用，所以病灶內(nèi)炎癥反應(yīng)輕微，中性粒細胞很少，只有少數(shù)淋巴細胞和組織細胞浸潤。新鮮活動的病灶中可見大量隱球菌，并有多數(shù)呈出芽狀態(tài)，懸浮于膠胨樣莢膜物質(zhì)中，有些病原體被巨噬細胞吞噬。

晚期病變?yōu)槿庋磕[性。病變區(qū)域纖維組織增生，其間有大量巨噬細胞、異物巨細胞和淋巴細胞。多數(shù)巨噬細胞和異物巨細胞胞漿內(nèi)都可有隱球菌。肉芽腫性病灶逐漸擴大可壓迫周圍組織，以后病灶可由纖維組織包圍或形成纖維疤痕，一般不發(fā)生鈣化。

中樞神經(jīng)系統(tǒng)隱球菌病主要表現(xiàn)為腦膜炎。腦膜增厚，以腦底部最明顯，蛛網(wǎng)膜下腔內(nèi)有大量稠厚的膠胨樣物質(zhì)和少數(shù)巨噬細胞。有時細胞滲出物較多，并有肉芽腫形成。腦膜可與腦組織粘連，影響腦脊液循環(huán)。感染可沿血管周圍間隙侵入腦組織，有時可在腦組織內(nèi)（主要在灰質(zhì)和基底節(jié)）形成許多小囊腔。鏡下可見囊腔為擴大的血管周圍間隙（圖18-32），腔內(nèi)充滿隱球菌及其所排泌的膠樣物質(zhì)。其中的血管細小，有時可有血管內(nèi)膜炎和血栓形成。周圍腦組織可因缺血而發(fā)生軟化。膠質(zhì)細胞可有輕度增生。后期，肉芽腫性病灶可發(fā)生在腦膜、腦實質(zhì)和脊髓。隱球菌性腦膜炎起病緩慢，臨床癥狀與結(jié)核性腦膜炎相似，很容易誤診。腦實質(zhì)病變范圍較大時，常與腦的占位性病變混淆，腦脊液檢查尋找病原體可確定診斷。