腸套疊發(fā)病原因尚不十分明確，目前可分為原發(fā)性和繼發(fā)性兩大類。

1、 原發(fā)性（急性）腸套疊

可能與小兒胃腸功能發(fā)育不健全，飲食改變，如添加輔食時間過早、早期添加量過大、腸道感染等多種原因有關(guān)。末端回腸淋巴組織增生可導致發(fā)病，因小兒回盲部系膜固定不完善，移動度較大，易引起復雜性腸套疊；且該部位血供差，容易較早期發(fā)生腸壁缺血壞死。另外，已有研究認為輪狀病毒與腸套疊有密切關(guān)系，腸道病毒感染后引起腸蠕動不協(xié)調(diào)及功能紊亂。

2、 繼發(fā)性（慢性）腸套疊

少部分病例為繼發(fā)性腸套疊，多見于3歲以上，多有明顯的機械因素，如梅克爾憩室、腹型過敏性紫癜所致的腸壁水腫、腫瘤、腸息肉、腸重復畸形等。由于年長兒腸管較粗大，腸套疊時不易造成完全性腸梗阻，且有可能自行松解整復，故癥狀不典型，病程長，一旦套疊較緊則整復較為困難，也易復發(fā)。