MHC分子在多個(gè)環(huán)節(jié)參與對抗原處理。外源性抗原在APC內(nèi)被降解成免疫原性多肽，并與MHC-Ⅱ類分子結(jié)合成穩(wěn)定的復(fù)合物，從而保證了多肽不被進(jìn)一步降解為氨基酸。醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理80年代末還發(fā)現(xiàn)，內(nèi)源性抗原在靶細(xì)胞中須與胞漿中的一種蛋白酶體（proteasome）結(jié)合才能進(jìn)一步分解為免疫原性多肽片段，后者再在一種肽鏈轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的參與下被轉(zhuǎn)運(yùn)到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔與新合成的MHC-Ⅰ分子結(jié)合。已證明蛋白酶體相關(guān)基因及肽鏈轉(zhuǎn)運(yùn)基因均位于MHC-Ⅱ類基因區(qū)內(nèi)。