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主要根據細菌的形態(tài)、生化反應、抗原分析及核酸相關性進行分類。

根據《伯杰系統(tǒng)細菌學手冊》（1984年）將腸桿菌科的細菌分為20個屬，即埃希菌屬、志賀菌屬、沙門菌屬、耶爾森菌屬、枸櫞酸桿菌屬、克雷伯菌屬、腸桿菌屬、多源菌屬、沙雷菌屬、變形桿菌屬、普羅威登菌屬、哈夫尼亞菌屬、愛德華菌屬、摩根菌屬等。