根含蒽醌類成分：甲基異茜草素（rubiadin）、甲基異茜草素-1-甲醚（rubiadin-1-methyl ether），大黃素甲醚（physcion），2-羥基羥甲基蒽醌（2-hydroxy-3-hydrox-ymethylanthraquinone），1-羥基蒽醌（1-hydroxyanthraquinone），1-羥基-2-甲基蒽醌（1-hydroxy-2-methyl anthraquinone），1，6-二羥基-2，4-二甲氧基蒽醌（1，6-dihydroxy-2,4-dimethoxyan-thraquinone），1，6-二羥基-2-甲氧基蒽醌（1,6-dihydroxy-2-methoxyanthraquinone），2-甲基蒽醌（2-methylanthraqui-none），還含環(huán)烯醚萜成分；水晶蘭甙（monoTCMLIBopein），四乙酰車葉草甙（asperuloside teTCMLIBaacetate）。又含葡萄糖(glucose），甘露糖（mannose），β-谷甾醇（β-sitosterol），棕櫚酸(palmitic acid）。維生素(vitamin)C，十九烷（nonadecane），24-乙基膽甾醇（24-ethyl cholesterol）。

根皮中含還原糖、甙、強心甙、黃酮、甾體三萜、氨基酸、有機酸；亦含鉀、鈣、鎂等23種金屬元素，其中15種為人體必需微量元素。根皮中鉛含量較木心中為低，鐵、錳、鋅等16種微量元素含量較木心為高．

從廣東產巴戟天生藥根皮中分得四種成分，分別鑒定為β-谷甾醇、2-甲基蒽醌、甲基異茜草素-1-甲醚及24-乙基膽甾醇．巴戟天的氯仿提取物中分離得的蒽醌化合物有：1,6-二羥基-2,4-二甲氧基蒽醌（1,6-Dihydroxy-2,4-dimethoxyan- thraquinone）、1,6-二羥基-2-甲氧基蒽醌（1,6-Dihydroxy-2-methoxyanthraquinone）等。