關于轉(zhuǎn)基因生物的安全性，目前仍沒有科學性共識。盡管如此，基因工程農(nóng)作物已被大規(guī)模投放，生物醫(yī)學應用也日益增加。轉(zhuǎn)基因生物還被投入工業(yè)使用和環(huán)境恢復，而公眾對此卻知之甚少。最近幾年，越來越多的證據(jù)證明存在生態(tài)、健康危害和風險，對農(nóng)民也有不利影響.

基因工程細菌影響土壤生物，導致植物死亡

1999出版的研究資料例舉了基因工程微生物釋放到環(huán)境中將如何導致廣泛的生態(tài)破環(huán)。

當把克氏桿菌的基因工程菌株與砂土和小麥作物加入微觀體中時，喂食線蟲類生物的細菌和真菌數(shù)量明顯增加，導致植物死亡。而加入親本非基因工程菌株時，僅有喂食線蟲類生物的細菌數(shù)量增加，而植物不會死亡。沒有植物而將任何一種菌株引入土壤都不會改變線蟲類群落。

克氏桿菌是一種能使乳糖發(fā)酵的常見土壤細菌?；蚬こ碳毦恢圃煊脕碓诎l(fā)酵桶中產(chǎn)生使農(nóng)業(yè)廢物轉(zhuǎn)換為乙醇的增強乙醇濃縮物。發(fā)酵殘留物，包括基因工程細菌亦可于土壤改良。

研究證明，一些土壤生態(tài)系統(tǒng)中的基因工程細菌在某些條件下可長期存活，時間之長足以刺激土壤生物產(chǎn)生變化，影響植物生長和營養(yǎng)循環(huán)進程。雖然目前仍不清楚此類就地觀測的程度，但是基因工程細菌引起植物死亡的發(fā)現(xiàn)也說明如果使用此種土壤改良有殺傷農(nóng)作物的可能。

致命基因工程鼠痘病毒偶然產(chǎn)生

澳大利亞研究員在研發(fā)對相對無害的鼠痘病毒基因工程時竟意外制創(chuàng)造出可徹底消滅老鼠的殺手病毒。

研究員們將白細胞間介素4的基因（在身體中自然產(chǎn)生）插入到一種鼠痘病毒中以促進抗體的產(chǎn)生，并創(chuàng)造出用于控制鼠害的鼠類避妊疫苗。非常意外的是，插入的基因完全抑制了老鼠的免疫系統(tǒng)。鼠痘病毒通常僅導致輕微的癥狀，但加入IL-4基因后，該病毒9天內(nèi)使所有動物致死。更糟的是，此種基因工程病毒對接種疫苗有著異乎尋常的抵抗力。

經(jīng)改良的鼠痘病毒雖然對人類無影響，但卻與天花關系十分密切，讓人擔心基因工程將會被用于生物戰(zhàn)。一名研究員在談及他們決定出版研究成果的原因時曾說：" 我們想警告普通民眾，現(xiàn)在有了這種有潛在危險的技術"，"我們還想讓科學界明白，必須小心行事，制造高危致命生物并不是太困難。"

殺蟲劑使用的增加大部分是由于HT作物，尤其是HT大豆使用的殺蟲劑增加，這一點可追溯到對HT作物的嚴重依賴性以及雜草管理的單一除草劑（草甘磷）使用。這已導致轉(zhuǎn)移到更加難以控制的雜草，而某些雜草中還出現(xiàn)了遺傳抗性，迫使許多農(nóng)民在基因工程作物上噴灑更多的除草劑以對雜草適當進行控制。HT大豆中的抗草甘膦杉葉藻（marestail）于2000年在美國首次出現(xiàn)，在HT棉花中也已鑒別出此種物質(zhì)[27]。

其它研究顯示，基因工程農(nóng)作物本身也會對其使用的除草劑產(chǎn)生抗性，引發(fā)嚴重的自身自長作物問題（同一塊地里早先種植的作物種子發(fā)芽的植物后來變成雜草）并迫使進一步使用除草劑。加拿大科學家證實了抗多種除草劑之基因工程油菜的迅速演化，此種作物因花粉長距離傳播而融合了不同公司研制的單價抗除草劑特性。

此外，科學家還在2002年確認了轉(zhuǎn)基因可從Bt向日葵移動到附近的野生向日葵，使雜化物更強、對化學藥品更具抗性，因為較之無基因控制的情況，雜化物多了50%的種子，且種子健康，甚至在干旱條件下也如此。

北卡羅萊那州大學的研究顯示，Bt油菜與相關雜草、鳥食草之間的交叉物可產(chǎn)生抗蟲性雜合物，使雜草控制更困難。

所有這些事件使預防方法和嚴格的生物安全管理變得突出。預防原則在《卡塔赫納生物安全協(xié)議》這一主要管理轉(zhuǎn)基因微生物的國際法律中已得到重申。尤其是第 10（6）條聲稱，如果缺乏科學定論，締約方可限制或禁止轉(zhuǎn)基因生物的進口，以避免或使生物多樣性及人類健康的不利影響降到最低。