中醫(yī)典籍中所說的藿香現(xiàn)在定名為“廣藿香”（主產于廣東、海南，故名），為唇形科植物，莖葉含有揮發(fā)油，主要成分為廣藿香醇。中醫(yī)認為廣藿香能治病的原因是由于它氣味芳香。按照中醫(yī)理論，病疫以氣染人，從口鼻吸入，先到了胃，而芳香能助清氣、去惡氣，所以氣味芳香的廣藿香善行胃氣、醒脾，能治霍亂嘔吐（《藥品化義》《本草正義》）。廣藿香的揮發(fā)油是天然殺蟲劑[1]。

藿香正氣水傳統(tǒng)上也使用較便宜的另一種唇形科植物藿香（也稱“土藿香”）制造。藿香香氣比廣藿香淡，中醫(yī)認為其品質較差，但功效與廣藿香并無不同，因中醫(yī)認為芳香行氣都是一樣的（《本草正義》）。實際上藿香揮發(fā)油的成分與廣藿香大不相同，主要成分是愛草腦（又稱甲基胡椒酚）。愛草腦是一種致癌物，可誘發(fā)肝癌[2]。

厚樸現(xiàn)在指的是木蘭科植物厚樸或廬山厚樸的干皮、根皮及枝皮。“樸”是木皮的意思，因為皮厚，所以叫“厚樸”。中醫(yī)典籍中所說的厚樸并不一定指的木蘭科植物厚樸，其他厚皮的植物也被當成厚樸使用，比如《本草綱目》中的厚樸根據(jù)其形態(tài)描述和插圖，可知并非木蘭科厚樸。厚樸味苦，中醫(yī)認為苦能下氣，所以厚樸被用以泄腹脹。因厚樸被懷疑有腎毒性，可導致腎臟損害，在歐洲被禁用[3][4]。

生半夏為天南星科植物半夏未經炮制的塊莖，歷來被視為有毒藥物。1988年12月27日國務院發(fā)布《醫(yī)療用毒性藥品管理辦法》將毒性藥品定義為“毒性劇烈、治療劑量與中毒劑量相近，使用不當會致人中毒或死亡的藥品”，其中包括生半夏。生半夏的急性中毒癥狀主要由半夏對粘膜的刺激性作用引起，可死于呼吸麻痹。長期服用生半夏能引起慢性中毒，導致腎臟代償性增大。生半夏對大鼠妊娠和胚胎具有非常明顯的毒性[5]。

臨床報道，藿香正氣水（丸）可引起過敏性休克[6][7]；呼吸困難[8]；藥疹[9][10]；過敏性紫癜[11]；腸梗阻[12]；上消化道出血[13]；心動過速[14]；小兒低血糖癥[15]。