（一）內(nèi)含子和外顯子

真核基因一般都含有內(nèi)含子，也有少數(shù)基因不含內(nèi)含子，如組蛋白基因，干擾素基因，酵母的多數(shù)蛋白質(zhì)基因。1986年ChuF.K等發(fā)現(xiàn)T4噬菌體的胸苷合成酶基因也含有內(nèi)含子。此外猿猴病毒SV40的T和t蛋白的基因中也含有長度不等的內(nèi)含子。不同的基因其內(nèi)含子的大小多少是不相同的，有時懸殊很大。有的基因內(nèi)含子少，如珠蛋白基因只有2個內(nèi)含子，有的基因內(nèi)含子很多，如雞的膠原蛋白（1a2）蛋白基因含有50個外顯子。長的內(nèi)含子如二氫葉酸還原酶，它有5個內(nèi)含子，6個外顯子，mRNA長2Kb，而DNA長超過31Kb，即5個內(nèi)含子的總長度達到29Kb，比外顯子長得多。

（二）內(nèi)含子的相對性

內(nèi)含子是相對的，一個基因的內(nèi)含子可能是另一個基因的外顯子醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

如SV40病毒早期轉(zhuǎn)錄區(qū)編碼了T和t兩個功能不同的蛋白，這兩個基因是重疊的，僅內(nèi)含子不同。初始轉(zhuǎn)錄物的長度為2530nt.大T蛋白成熟的mRNA中切除了330nt的內(nèi)含子，余下的編碼序列為2200nt，翻譯成大T蛋白的分子量為100KDa.但小t蛋白內(nèi)含子僅30nt，位于大T內(nèi)含子區(qū)域內(nèi)，大T內(nèi)含子其余部分（300nt）對于小t來說卻是外顯子。所以小t蛋白的mRNA長為2500nt，由于在其內(nèi)含子前有一個終止密碼子，所以能翻譯的部分并不長，小t蛋白的分子量也只有18KDa.

大鼠的肌鈣蛋白T也是一個很好的例子。它具有兩種不同形式的蛋白，a型和b型。都由同一個基因編碼，這個基因共有5個外顯子，其中W，X和Z是兩種類型蛋白共有的外顯子，另外兩個a和b分別在不同類型的mRNA中表達，即a在a型中是外顯子在b型中都是內(nèi)含子，加工時被剪掉，b外顯子也是相似的情況，說明內(nèi)含子是相對的。