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水樣來源主要是河水、湖水、地下水和自來水，在疫區(qū)還包括稻田、塘水、井水和鄰近畜舍、廁所的積水點。采樣器具有用于手工采樣的采樣瓶和自動采樣器。手工采樣是將水樣瓶用鐵架固定，塞住瓶口，待瓶沉入到一定深度時拉開瓶塞，讓水樣進入。自動采樣是用自動采樣器在一定間隔時間中或連續(xù)采集樣品，分別放入樣品瓶或合并于一個樣品瓶中成為混合樣。
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