中國動物種類資源也很豐富，藥用動物來源非常廣泛。中國現(xiàn)有藥用動物11門、33綱、141目、414科、879屬、1574種和種下等級（不含亞種）。其中陸棲動物329科、720屬、1295種，海洋動物85科、141屬、275種?，F(xiàn)按約翰遜系統(tǒng)（1977）分門統(tǒng)計。藥用動物11個門中，脊推動物占有較大優(yōu)勢，包含了約62%的藥用種；無脊椎類共有10門、199科、362屬、606種。原生動物中藥用種僅有草履蟲科1科、2種，即大草履蟲和多小核草履蟲。海綿動物的藥用種均屬于簡骨海綿科，應(yīng)用歷史較久的是脆針海綿（紫梢花），宋代的《圖經(jīng)本草》即已收載；另一種是湖海綿。

　　腔腸動物中藥用種多出自珊瑚綱，主要有星黃?？?。黃海葵、桃色珊瑚、海仙人掌等，其他常見的有海蜇、僧帽水母和海月水母等。

　　軟體動物是低等動物中較大的一類，中國近海約有3000多種。它所屬的4個綱中，尤以瓣鰓綱的藥用種居多，共計20科、103種，占軟體動物藥用總種數(shù)的1/2左右。腹足綱的藥用種類亦有一定優(yōu)勢，其中主要藥用科有蚌科（35）、簾蛤科（i3）、錐螺科（13）、田螺科（11）、骨螺科（11）、寶貝科（11）和牡蠣科（8）。軟體動物通常稱為貝類，藥用貝類多為雙殼貝，共有112種，常用的有三角帆蚌、褶紋冠蚌、圓頂珠蚌、河無齒蚌、長牡蠣、大連灣牡蠣、近江牡蠣、文蛤、青蛤、泥蚶（瓦楞子）和魁蚶等。單殼貝藥用種主要有雜色鮑（石決明）、耳鮑、皺紋盤鮑、阿紋綬貝（紫貝齒）、環(huán)紋貨貝（白貝齒）、貽貝、中國圓田螺和同型巴蝸牛等。貝內(nèi)殼的藥用軟體動物主要屬于頭足綱，常見藥用種有曼氏無針烏賊（海螵蛸）、金烏賊、醫(yī)學(xué)教.育網(wǎng)搜集整理真蛸和短蛸等?？晒┧幱玫能涹w動物還有藍(lán)斑背肛海兔（海粉）、縊蟶、紅條毛膚石鱉、西施舌、黃蛞蝓及皺紅螺等。

　　星蟲動物門中可供藥用的僅兩種，即土釘蟲和裸體方格星蟲。

　　環(huán)節(jié)動物的藥用種以寡毛綱和蛭綱為主，其中以鉅蚓科（14）和醫(yī)蛭科（7）的種數(shù)較多，常用的有參環(huán)毛蚓（廣地龍）、通俗環(huán)毛蚓、白頸環(huán)毛蚓、日本醫(yī)蛭（水蛭）、尖細(xì)金線蛭、秀麗黃蛭等。環(huán)節(jié)動物中還有梯形背暗異唇蚓（土地龍）、日本沙蠶和沙蠾等也可供藥用。

　　節(jié)肢動物是無脊椎動物中最大的一類，所屬6個綱中較重要的是昆蟲綱，共有藥用動物67科、220種，約占節(jié)肢動物藥用種數(shù)的71%.藥用種數(shù)較多的科有芫青科（21）、虻科（14）、蝗科（12）和鰓金龜科（10）。

　　常用昆蟲藥材有小刀螳螂（桑螵蛸）、大斑芫青（斑蝥）、九香蟲、蚱蟬（蟬蛻）、華虻、長腳黃峰（露蜂房）、中華真地鱉（土蟲）、黑翅紅娘子和紫膠蚧等，其他可藥用的昆蟲還有東亞飛蝗、東方后片蠊、中華蟋蟀、虎斑步甲、星天牛、絲光褐林蟻及大蜻蜒等。

　　甲殼綱動物中國約有3000多種，可藥用的種類亦不少，其中十足目較突出，主要有對蝦、中國龍蝦、東北蜊蛄、三疣梭子蟹、中華絨螯蟹（方海）、鋸齒溪蟹和大寄居蟹等。甲殼類藥用種中還有鼠婦（潮蟲）、海蟑螂和平甲蟲等。

　　草藥蛛形綱中常用的藥用種有東亞鉗蝎（全蝎）；作為民間習(xí)用藥的種，主要有北國壁錢、大腹圓蛛和迷路草蛛等。

　　節(jié)肢動物中藥用種數(shù)較少的還有唇足綱中的少棘蜈蚣、索蚰蜒等3種；倍足綱中的寬附隴馬陸、燕山蛩和約安山蛩等；肢口綱中的中國鯊等。

　　苔蘚動物中的藥用種僅有脊突苔蟲和柯氏胞孔苔蟲2種，均為海浮石基原種。

　　棘皮動物屬于海洋底棲動物，藥用資源主要有海膽類（4科8種）、海星類（4科5種）和海參類，其中主要藥用種有紫海膽、石筆海膽、馬糞海膽、羅氏海盤車、多棘海盤車、海燕、刺參和梅花參等。

　　原索動物中的藥用種只有尾索動物綱的玻璃海鞘和頭索動物綱的廈門文昌魚及青島文昌魚兩種。