一、衣原體感染人體后，首先侵入柱狀上皮細胞并在細胞內生長繁殖，然后進入單核巨噬細胞系統(tǒng)的細胞內增殖。由于支原體、衣原體在細胞內繁殖，導致感染細胞死亡，同時尚能逃避宿主免疫防御功能，得到間歇性保護。支原體、衣原體的致病機理是抑制被感染細胞代謝，溶解破壞細胞并導致溶解酶釋放，代謝產物的細胞毒作用，引起變態(tài)反應和自身免疫。

二、泌尿生殖道感染支原體后，引起的疾病男性為非淋菌性尿道炎醫(yī)|學教育網搜集整理，女性主要為非淋菌泌尿生殖道炎。男性表現(xiàn)為尿道刺癢、燒灼感和排尿困難，少數有尿頻。尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄，部分病人無癥狀。

三、當人體感染衣原體后，產生特異性的免疫，但是這種免疫力較弱，持續(xù)時間短暫，因此，支原體、衣原體感染容易造成持續(xù)，反復感染，以及隱性感染。細胞免疫方面，大部分活動性已治愈的衣原體患者，給予相應的抗原皮內注射時，常引起遲發(fā)型變態(tài)反應。這種變態(tài)反應可用淋巴細胞進行被動轉移。