蒙古族人民中流傳著這樣一句民間諺語：“病之始，始于食不消；藥之源，源于百煎水。”諸如奶食、肉食、骨湯之類，只要食用適當，都可以起到滋補、強身、防病、治病的作用。這是古代蒙古人從長期的生活實踐中總結(jié)出來的飲食療法的前身，在《蒙古秘史》中也有這方面的記載。

在藥物學方面，蒙醫(yī)藥家們創(chuàng)造了適合于本地區(qū)實際情況的獨特的配制法和用藥法等。同時還吸收了西藏。印度等地區(qū)和兄弟民族的藥物學理論知識，使自己的藥物學理論不斷完善和發(fā)展。在17～18世紀涌現(xiàn)出很多著名的藥物學家、方劑學家和蒙藥著作。如伊希巴拉珠爾撰寫的《認藥白晶藥鑒》一書就是內(nèi)容比較豐富的蒙藥學著作；18世紀藥物學家羅布桑蘇勒和木撰寫了《認藥學》四部書，即《珠寶、土、石類認藥學》《木、湯、滋補類認藥學》《草類認藥學》《鹽、灰、動物類認藥學》，主要闡述了藥物的形態(tài)，為認藥、采藥和研究藥物提供了依據(jù)。 蒙醫(yī)治療強調(diào)“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“調(diào)理三根”和“因人、因時、因地制宜”等治療原則。

蒙醫(yī)認為：疾病是在各種致病因素的影響下，三根出現(xiàn)偏盛偏衰、失去相對平衡的情況下產(chǎn)生的，只有保持三根互相協(xié)調(diào)，才能維持人體正常的生理功能，身體方能健壯無病。因此，治療一切疾病的過程，實際上就是調(diào)整赫依、希拉、巴達干三者，使之趨于平衡的過程。

其中，內(nèi)科疾病多以內(nèi)服藥為主，同時配合外治放血、薰蒸、冷熱敷、濕藥浴、銀針等多種療法。臨床過程中，要注意在正確區(qū)分不同的體質(zhì)特征（包括赫依型、希拉型、巴達干型及聚合型四種），仔細辨別疾病的誘發(fā)因素（包括飲食、起居、時令和突發(fā)因素等四種），認真分析病因病機（包括赫依、希拉、巴達干、血、黃水、粘蟲六因，也稱六基癥）和疾病性質(zhì)（概括為寒熱兩類）的基礎(chǔ)上，根據(jù)具體病種的不同特點，分清主次，采用不同的治療原則和治療方法醫(yī)學教育|網(wǎng)搜集整理。同時，要密切注意和防止疾病的轉(zhuǎn)化，如瘟熱病尚未成熟時，要注意防止轉(zhuǎn)化為空虛熱；治療毒熱癥與包如病時，要注意防止其轉(zhuǎn)化為陳熱病，巴達干病與希拉病治療，要注意防止其轉(zhuǎn)化為隱伏熱癥等等；要特別注意不要被疾病的假象所蒙蔽，診斷要正確，誤診要及時糾正，而后確立治則治法和投藥，如：毒癥，包如病、陳熱三種疾病，其癥狀極易相混，如診斷不清，就會造成治療誤差，而不能獲得根本的療效。

總之，蒙醫(yī)治療疾病一般采取以藥物、外治、飲食起居等多種療法相結(jié)合綜合性治療手段。