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一般根據(jù)蟲體寄生的部位,將原蟲病分為：

①腸道原蟲感染。如腸阿米巴病等。臨床上常有腹痛、腹瀉，排稀便或膿血便，糞便中?？烧业阶甜B(yǎng)體或包囊。

②肝臟及膽道原蟲感染。如阿米巴肝膿腫等。臨床上常有發(fā)熱、肝區(qū)疼痛、肝臟腫大并有壓痛等。

③血液及淋巴系統(tǒng)原蟲感染。如瘧疾、巴貝原蟲病等。常可有局部或全身性淋巴結(jié)腫大、貧血、發(fā)冷、發(fā)熱等。

④神經(jīng)系統(tǒng)原蟲病染。如原發(fā)性阿米巴腦膜腦炎、非洲錐蟲病、腦型瘧等。常有發(fā)熱、頭痛、顱內(nèi)壓增高、癲癇、昏迷等。

⑤皮膚和肌肉原蟲感染。如皮膚阿米巴病、皮膚利什曼氏原蟲病等。?？沙霈F(xiàn)皮膚紅腫、潰瘍等。

⑥肺部原蟲感染。如卡氏肺孢子蟲病、阿米巴肺膿腫等。常有發(fā)熱、胸痛、咳嗽、干咳或咳出膿痰，痰中有時可找到蟲體。

⑦眼部原蟲感染。如眼弓形蟲病。表現(xiàn)虹膜睫狀體炎、視網(wǎng)膜脈絡(luò)膜炎等。

⑧泌尿生殖系原蟲感染。如滴蟲性陰道炎等。臨床上有尿道炎或陰道炎的征象。值得注意的是有些原蟲所致病變常不局限于一個臟器，而是數(shù)臟器同時受累。