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單細(xì)胞測(cè)序與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班/線(xiàn)上課程

會(huì)議日期 2022-05-14至 2022-05-15
會(huì)議地點(diǎn) 北京豐臺(tái)區(qū)
會(huì)議學(xué)科 科研/教育科研申報(bào)
主辦單位 北京華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
學(xué)分情況

 單細(xì)胞測(cè)序是從單個(gè)細(xì)胞水平對(duì)基因組和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行研究。2015年以來(lái),10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技術(shù)的出現(xiàn),徹底降低了單細(xì)胞測(cè)序的成本門(mén)檻。自此,單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)被廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)科研和臨床研究。通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序可以最大程度的反映細(xì)胞的異質(zhì)性,發(fā)現(xiàn)新的細(xì)胞群和細(xì)胞亞群,并為闡明細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換的調(diào)控機(jī)理提供了技術(shù)保障。單細(xì)胞技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析方法在腫瘤、發(fā)育生物學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域有重要應(yīng)用,是現(xiàn)今生命科學(xué)研究的焦點(diǎn)。
常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息,而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息?臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境,將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)、腫瘤微環(huán)境等領(lǐng)域的研究利器。

一、時(shí)間地點(diǎn):

2022年5月14日-15日
騰訊會(huì)議客戶(hù)端線(xiàn)上授課(非錄播)

授課老師:
來(lái)自中科院,長(zhǎng)期從事單細(xì)胞多組學(xué)方面的項(xiàng)目研究,目前已在Nature等雜志發(fā)表文章四十多篇,承擔(dān)國(guó)家科技部、國(guó)家自然基金委和重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等多項(xiàng)課題。
三、會(huì)議特色:

本次課程以近期CNS文章為案例主線(xiàn),逐一詳細(xì)剖析,全程電腦實(shí)戰(zhàn)教學(xué)。理論與實(shí)踐相結(jié)合,老師將以最簡(jiǎn)單易懂的方式,既介紹單細(xì)胞測(cè)序的研究方法、分析內(nèi)容和最新前沿進(jìn)展,又介紹具體的數(shù)據(jù)庫(kù)、工具和軟件的使用,并在課堂上進(jìn)行上機(jī)指導(dǎo)。講師經(jīng)驗(yàn)豐富,教學(xué)深入淺出,能讓大家獲得從單細(xì)胞組學(xué)原始數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)CNS圖形繪制的實(shí)戰(zhàn)能力。
預(yù)期目標(biāo):
本學(xué)習(xí)班由多年從事單細(xì)胞組學(xué)研究的科研人員授課,通過(guò)深入淺出的理論講解和實(shí)例案例,幫助學(xué)員拓展研究思路,提升科研水平,增加職業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力。通過(guò)本次課程培訓(xùn)將使學(xué)員系統(tǒng)掌握當(dāng)前主流的單細(xì)胞組學(xué)分析流程、方法和軟件,從零基礎(chǔ)實(shí)現(xiàn)到CNS圖表的繪制,同時(shí)提升研究深度和廣度,拓寬研究思路。
、主要內(nèi)容:

1.熟悉單細(xì)胞組學(xué)圖表解讀和研究思路。
2.掌握單細(xì)胞組學(xué)分析標(biāo)準(zhǔn)流程和常用軟件。
3.熟悉單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分型和marker基因鑒定。
4.掌握單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軌跡分析及功能富集分析。
5.了解單細(xì)胞課題設(shè)計(jì)方法及研究思路。
6.熟悉并掌握單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)實(shí)用技能。
六、課程安排:


日期
時(shí)間
授課題目
授課內(nèi)容
5月14日
 
9:00-12:00
單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)與應(yīng)用 1. 單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)的發(fā)展和原理。
2. 單細(xì)胞在各個(gè)科研領(lǐng)域的應(yīng)用。
3. 單細(xì)胞高分文章分析思路解析(細(xì)胞群鑒定、擬時(shí)序分析、差異表達(dá)、功能富集、轉(zhuǎn)錄因子、細(xì)胞通訊等)。
4. 單細(xì)胞組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用。
12:00-14:00
 
午間休息
14:00-17:00
單細(xì)胞組學(xué)數(shù)據(jù)分析實(shí)操 1. R語(yǔ)言簡(jiǎn)介及安裝,RStudio的安裝及使用說(shuō)明。
2. R語(yǔ)言語(yǔ)法介紹及常用命令。
3. R語(yǔ)言的數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計(jì)應(yīng)用。
4. 10X官方單細(xì)胞軟件Cellranger講解及實(shí)操。
5. 從基因表達(dá)矩陣開(kāi)始到marker基因篩選全過(guò)程講解及實(shí)操。
6. 通過(guò)Seurat軟件進(jìn)行PCA及tSNE降維。
7. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞鑒定及聚類(lèi)分析。
8. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。
5月15日
9:00-12:00
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組軌跡、通路、轉(zhuǎn)錄因子等分析及繪圖實(shí)操 1. 通過(guò)Seurat 合并多樣本及消除樣本異質(zhì)性。
2. 通過(guò)Monocle軟件進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擬時(shí)間分析。
3. 通過(guò)DAVID及metascape網(wǎng)站進(jìn)行通路富集分析。
4. 通過(guò)GSVA計(jì)算細(xì)胞通路得分信號(hào)等。
5. 通過(guò)cellphonedb進(jìn)行細(xì)胞互作分析。
6. 通過(guò)infercnv推斷染色體拷貝數(shù)變異。
7. 通過(guò)SCENIC軟件進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)分析。
12:00-14:00
午間休息
14:00-17:00
空間轉(zhuǎn)錄組+單細(xì)胞測(cè)序聯(lián)合分析 1. 空間轉(zhuǎn)錄組基本概念及原理。
2. 單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組研究思路及案例分享。
3. 單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合課題設(shè)計(jì)。
4. 空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。
5. 通過(guò)Seurat進(jìn)行空間變量特征的識(shí)別。
6. 與單細(xì)胞數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析(空間細(xì)胞類(lèi)型定義)。
7. 通過(guò)Seurat處理多個(gè)切片。
主辦單位:
北京華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司、合肥華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn):

會(huì)議費(fèi)3000元/人,此次課程為線(xiàn)上直播教學(xué)模式,開(kāi)課前統(tǒng)一提供配套電子版培訓(xùn)資料。參加培訓(xùn)的學(xué)員課后可通過(guò)微信群繼續(xù)和授課講師交流,長(zhǎng)期獲得指導(dǎo)機(jī)會(huì)。
課程結(jié)束后統(tǒng)一快遞紙質(zhì)版蓋章通知和正式發(fā)票,如提前需要請(qǐng)聯(lián)系會(huì)務(wù)組。

、繳費(fèi)方式:

本次會(huì)議費(fèi)委托合肥華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司收取并統(tǒng)一提供會(huì)務(wù)發(fā)票。
1.網(wǎng)上匯款或銀行轉(zhuǎn)賬

戶(hù) 名:合肥華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
開(kāi)戶(hù)行:中國(guó)銀行合肥臨泉路支行
帳 號(hào):181246448304
2.支付寶賬號(hào)
名字:合肥華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
賬號(hào):kf@Huasitai.com
注:匯款時(shí)請(qǐng)務(wù)必注明“單細(xì)胞”和學(xué)員姓名,匯款后將回單電子郵件發(fā)給我們,以便我們確認(rèn)。

、報(bào)名方式:
學(xué)員請(qǐng)?zhí)?font style="BACKGROUND-COLOR: #ffffff" color="#000000">寫(xiě)報(bào)名表通過(guò)電子郵件發(fā)送至:info@huasitai.com或在線(xiàn)報(bào)名),我們收到您的報(bào)名信息后將及時(shí)與您聯(lián)系確認(rèn)。

十一、會(huì)務(wù)咨詢(xún):

聯(lián)系人:章老師
電 話(huà)13121195178(微信同號(hào))
E-mailinfo@huasitai.com

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