黃酮類(lèi)化合物多為結(jié)晶性固體，少數(shù)為無(wú)定型粉末，如黃酮苷類(lèi)。游離的各種苷元母核中，除二氫黃酮、二氫黃酮醇、黃烷及黃烷醇有旋光性外，其余則無(wú)光學(xué)活性。苷類(lèi)由于在結(jié)構(gòu)中引入糖分子，故均有旋光性，且是左旋。黃酮類(lèi)化合物是否有顏色與分子中是否有交叉共軛體系及助色團(tuán)（-OH、-CH3等）的種類(lèi)、數(shù)目以及取代位置有關(guān)。一般情況下，黃酮、黃酮醇及其苷類(lèi)多顯灰黃色至黃色、查耳酮為黃色至橙黃色，而二氫黃酮、二氫黃酮醇、異黃酮類(lèi)，不具有交叉共軛體系或共軛鏈短，故不顯色（二氫黃酮、二氫黃酮醇）或顯微黃色（異黃酮）。

在上述黃酮、黃酮醇分子中，尤其在 7-位及 4′-位引入助色團(tuán)-OH 或-OCH3等后，因其促進(jìn)電子位移、重排，而使化合物的顏色加深。但將-OH、-OCH3引入其他位置影響較小。

花色素及其苷元的顏色隨 pH 不同而不同，一般顯紅色（pH＜7）、紫色（pH=8.5）、藍(lán)色（pH＞8.5）等。