五十年代以前，敗血癥的致病菌主要為肺炎球菌和溶血性鏈球菌，其次為金黃色葡萄球菌（金葡菌）。自抗菌藥物問世并廣泛應用以來，對抗生素尤其是青霉素敏感的肺消炎球菌、溶血性鏈球菌感染已大為減少，而金葡萄及某些革蘭陰性桿菌如大腸桿菌、綠膿桿菌、肺炎桿菌及腸桿菌等因易產(chǎn)生耐藥性，故已成為敗血癥的主要病原菌。七十年代以后，真菌及厭氧菌感染也逐漸增多。

常見的病原菌有以下四類：

（一）革蘭陽性球菌以金葡萄最為常見，在醫(yī)院內(nèi)感染者表皮葡萄球菌（表葡菌）也不少見，其他還有肺炎球菌及溶血性鏈球菌，后者常引起新生兒敗血癥。另外D組鏈球菌（腸球菌）以易并發(fā)心內(nèi)膜炎而引起關(guān)注。

（二）革蘭陰性桿菌以大腸桿菌最為常見，其次為肺炎桿菌、腸桿菌（產(chǎn)氣桿菌、凝團桿菌等）、綠膿桿菌、變形桿菌、枸櫞酸桿菌及沙雷菌等。

（三）厭氧菌 主要為脆弱桿菌、消化球菌與消化鏈球菌、產(chǎn)氣莢膜桿菌等。目前報道厭氧菌敗血癥占敗血癥總數(shù)的10%左右，但由于厭氧菌培養(yǎng)技術(shù)較為復雜，故實際發(fā)生率可能更高。

（四）真菌 主要為白色念珠菌，其次為曲菌與毛霉菌。

多數(shù)菌（復數(shù)菌）敗血癥是指兩種或兩種以上細菌同時或先后感染，多見于嚴重燒傷或免疫功能嚴重低下者。