病理病原體進入體內后，機體的免疫應答系統(tǒng)即積極反應，調動細胞免疫和體液免疫，同時引起局部或全身的炎癥反應。不同病原體引起病理改變的基本性質屬于炎癥范疇。因此傳染病的局部和全身反應的變化規(guī)律和炎癥的規(guī)律基本相同。隨著病變的發(fā)展，臨床也出現(xiàn)潛伏期、前驅期、發(fā)病期和愈復期。病變發(fā)展過程和病程及病原體的數(shù)量、毒力以及機體免疫功能和藥物治療有明顯的關系。機體抵抗力強和治療得當可以縮短病程和減輕損傷，否則病原體繁殖、播散，可造成嚴重的后果，醫(yī)學教育網整理如下：

　　感染和感染癥

　　感染癥是一種經過醫(yī)學實證，由病原性的微生物之存在或其活動引起，可對宿主傷害或損壞正常其生理功能的人類或其他物種之疾病醫(yī)學|教育網|整理。而一個引起感染癥的病原，可引發(fā)感染的能力在流行病學中特稱為感染力。此外，感染癥也不可和感染混淆，兩者并非同義詞，因為感染未必會引發(fā)疾病癥狀或宿主不適。在無限多種類且仍在逐漸產生變異的微生物中，只有極少數(shù)能夠對健康個體產生疾病。感染癥的引發(fā)事實上不僅肇因于病原的介入，同時也受到宿主防御影響，前者除了可導致患者生理不正常運作，但有時卻是感染者本身的防御機制反應所致，因此一個疾病的表現(xiàn)和嚴重程度是同時建構于病原和宿主本身兩方面。因此依照宿主本身的防御力，這些病原又可進一步歸納為主要病原或伺機性病原。多數(shù)感染癥不會造成患者死亡，而致病之微生物最終通常會屈服于宿主的免疫反應，進而被清除或潛伏在宿主體內這個過程需要免疫機制的參與以殺死或減低病原的活性。但免疫系統(tǒng)對微生物作出的反應常常（但并非全然）是疾病癥狀的來源，例如發(fā)燒、發(fā)炎反應、流鼻涕、咳嗽、化膿等，有時這種癥狀對患者的傷害遠大于病原本身的直接傷害。此外，感染疾病、帶原或是注射疫苗，甚至是受到結構相似之生物體或非生物，都可能藉以得到抗體而產生對特定病原的免疫力。

　　新興疾病

　　有時微生物和宿主和諧共生共存或互不侵犯，常見于熱帶地區(qū)發(fā)源之病毒、某些昆蟲、猿、猴或其他物種，由于兩方在平衡中共同演化，通常宿主已具備相當程度之抵抗力，同時這些微生物也演化出更有力的致病能力，但當這些微生物由長期共同演化的物種傳染至其他毫無抵抗能力之物種時，可能會產生疾病，卻對原先共存之物種不造成實質影響，尤其當轉移的物種之間基因表現(xiàn)相似度越高，生物體內的辨識能力也較相似，此時受感染的機會也會大幅提升。換句話說，對于新接觸微生物的物種若因此染病，則這個微生物對新的宿主而言是一種病原，對于原先共存之物種，這種微生物不造成疾病，則不為其病原。多數(shù)人類新興傳染病及其傳播都與人為活動有關，由于環(huán)境受到改變，某些區(qū)域性的微生物可借此取得新的生態(tài)平衡，甚至引發(fā)大流行。

　　病原毒力和傳染之間的關系相當復雜，而且也深深影響著病原的長期演化，由于微生物和宿主之間的共同演化出新病原需要時間，在一般情況下，病原要找上先鋒的攻擊目標并非易事，通常需要直接地破壞環(huán)境平衡，或是藉生態(tài)變化，引發(fā)物種遷徙，甚至人為消滅之病原，可由實驗室演化后釋出。通常首次流行時，由于醫(yī)療、公共衛(wèi)生經驗不足，死亡率將最為嚴重，但若是快速致死的疾病，宿主很可能在病原開始蔓延之前死亡，而毒力對宿主生理運作的改變，也將影響傳播的結果，例如呼吸道感染可促使患者將病原咳至空氣散布，霍亂則可借由爆炸性的腹瀉增加分布的面積。