國家經(jīng)貿(mào)委醫(yī)藥司的主要職能是：貫徹、執(zhí)行國家有關(guān)法律、法規(guī)，對所轄行業(yè)、企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營方面進(jìn)行經(jīng)濟(jì)管理，對醫(yī)藥行業(yè)經(jīng)濟(jì)運行進(jìn)行宏觀調(diào)控。根據(jù)國家產(chǎn)業(yè)政策，制定醫(yī)藥行業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略、長遠(yuǎn)規(guī)劃，制定行業(yè)或企業(yè)的產(chǎn)品升級換代規(guī)劃、計劃；指醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理導(dǎo)企業(yè)按國家或市場需求調(diào)整產(chǎn)品結(jié)構(gòu)，推進(jìn)技術(shù)進(jìn)步，提高企業(yè)產(chǎn)品在國內(nèi)外市場中的競爭能力；負(fù)責(zé)醫(yī)藥行業(yè)的統(tǒng)計、信息工作；負(fù)責(zé)藥品、藥械儲備及災(zāi)情、疫情、軍需、戰(zhàn)備藥品及藥械的緊急調(diào)度工作；組織實施中藥，生化制藥的行業(yè)管理。