春秋戰(zhàn)國(guó)至秦漢時(shí)期，隨著治病經(jīng)驗(yàn)的積累，受當(dāng)時(shí)經(jīng)濟(jì)、文化、哲學(xué)的影響，我國(guó)醫(yī)學(xué)理論體系逐步形成，出現(xiàn)了《黃帝內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》、《傷寒雜病論》等重要醫(yī)學(xué)典籍。與此同時(shí)，藥物知識(shí)更加豐富，藥物理論初步形成，出現(xiàn)了專(zhuān)門(mén)記載藥物的著作——本草，和通曉藥物知識(shí)的專(zhuān)業(yè)人員。秦漢至魏晉南北朝是奠定中藥學(xué)發(fā)展基礎(chǔ)的重要時(shí)期，已有多種本草著作問(wèn)世，其中影響最大的是《神農(nóng)本草經(jīng)》和《本草經(jīng)集注》。

　　《神農(nóng)本草經(jīng)》（簡(jiǎn)稱《本經(jīng)》），作者不詳，可能非一人一時(shí)之作，而是經(jīng)歷了較長(zhǎng)時(shí)期的撰寫(xiě)、流傳、補(bǔ)充、完善的過(guò)程，大約成書(shū)于東漢年間，是中國(guó)現(xiàn)存最早的一部本草。醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理該書(shū)先以“序例”簡(jiǎn)述了本草學(xué)基本理論，包括五味、四性、有毒無(wú)毒及隨證的用藥原則；藥物配伍的“七情”；藥物的劑型選擇、服藥法以及藥物產(chǎn)地、采集等內(nèi)容，初步奠定了藥學(xué)理論的基礎(chǔ)。繼以上、中、下三品分類(lèi)藥物，“三品”是按藥物的有毒與無(wú)毒、養(yǎng)生延年與祛邪治病的不同，對(duì)藥物的粗略分類(lèi)。該書(shū)共載藥物365種，其中包括植物藥252種，動(dòng)物藥67種，礦物藥46種。每一藥物記述了性味、有毒無(wú)毒、主治功用、別名、生境等。全書(shū)基本上分成了總論、各論兩大部分。所收載的藥物功用大多樸實(shí)有驗(yàn)，如常山截瘧，黃連治痢，大黃瀉下，麻黃平喘，當(dāng)歸調(diào)經(jīng)，阿膠止血，人參補(bǔ)虛，烏頭止痛，半夏止嘔，茵陳退黃等?！侗窘?jīng)》總結(jié)了漢以前的藥學(xué)成就，奠定了中藥學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)，對(duì)后世本草學(xué)具有深遠(yuǎn)的影響。歷史上影響較大的綜合本草，都淵源于《本經(jīng)》而有所發(fā)展。

　　《本經(jīng)》原書(shū)早佚，現(xiàn)在見(jiàn)到的各種版本，均為明清以降本草學(xué)家根據(jù)《本草經(jīng)集注》殘卷、《新修本草》殘寫(xiě)本及《證類(lèi)本草》、《本草綱目》和其它著作中保存的《本經(jīng)》文字輯復(fù)而成。最早輯復(fù)者為南宋王炎《本草正經(jīng)》，已失傳。現(xiàn)存十多種輯復(fù)本中流傳較廣者有二孫本（清？孫星衍、孫馮翼輯）、顧本（清？顧觀光輯）、森本（日本森立之輯）。歷代醫(yī)家除了輯復(fù)《本經(jīng)》外，并作了大量的考證、?？?、注釋和發(fā)揮，形成了為數(shù)眾多的《本經(jīng)》系統(tǒng)本草。其中影響較大的有：明？繆希雍《本草經(jīng)疏》，清？徐大椿《神農(nóng)本草經(jīng)百種錄》，清？陳念祖《神農(nóng)本草經(jīng)讀》，清？鄒澍《本經(jīng)疏證》等。近年則有尚志鈞、王筠默、馬繼興、曹元宇等的輯復(fù)、校注本出版。

　　《本草經(jīng)集注》作者陶弘景，為南北朝時(shí)期著名的學(xué)問(wèn)家、道教人物，晚年隱居茅山，時(shí)人敬為“山中宰相”?！侗静萁?jīng)集注》以陶弘景整理、訂正的《本經(jīng)》365種藥物為基礎(chǔ)，并增補(bǔ)“名醫(yī)副品”365種，加上陶弘景本人的注解和評(píng)議而成。“名醫(yī)副品”又稱“名醫(yī)別錄”，為陶弘景收集、整理漢代、魏晉諸名醫(yī)在多種《本經(jīng)》傳本中新增補(bǔ)的藥物資料撰寫(xiě)而成。陶弘景在撰寫(xiě)《本草經(jīng)集注》時(shí)，把輯入該書(shū)的、除《本經(jīng)》以外的有關(guān)資料稱為“名醫(yī)副品”，待該書(shū)撰成后，將這些新增補(bǔ)的資料全面匯集成書(shū)時(shí)則稱《名醫(yī)別錄》?！侗静萁?jīng)集注》共三卷，分上、中、下三品收載藥物，一般稱730種（實(shí)際當(dāng)在此數(shù)以上），除補(bǔ)充、訂正《本經(jīng)》365種外，其余均為新增。記述藥物的內(nèi)容比較廣泛，除正名、性味、有毒無(wú)毒、主治、別名外，還記有產(chǎn)地、生境、采制等，少數(shù)藥物簡(jiǎn)述藥材性狀或用法。對(duì)藥物性味、主治的記載更切合實(shí)際，還最早在藥物條目中記載了方劑，有較高的臨床實(shí)用價(jià)值。全書(shū)分序例和藥物兩部分。序例注釋了《本經(jīng)》的序例，并增補(bǔ)了許多藥物采收、鑒別、炮制和配制方法、諸病通用藥等，大大增強(qiáng)了對(duì)臨床用藥的指導(dǎo)意義。首創(chuàng)藥物自然屬性分類(lèi)法，將藥物分為玉石、草木、蟲(chóng)獸、果、菜、米食及有名未用7類(lèi)，各類(lèi)仍依《本經(jīng)》分為上、中、下三品。而諸病通用藥按所治81個(gè)病癥列舉藥物，實(shí)際上是對(duì)上述分類(lèi)的補(bǔ)充，對(duì)藥物的功效分類(lèi)方法有重要意義。陶弘景把《本經(jīng)》和“名醫(yī)副品”的藥物條文放在同等重要的地位，并以朱、墨分寫(xiě)，朱寫(xiě)《本經(jīng)》文，墨寫(xiě)“名醫(yī)副品”文，僅以小字注文補(bǔ)充作者增添的內(nèi)容。這種朱墨分書(shū)、大小結(jié)合的編寫(xiě)方式在綜合本草中一直延續(xù)到明代。它使有關(guān)本草文獻(xiàn)得以保持原貌。《本草經(jīng)集注》較全面地搜集、整理了古代藥物學(xué)的各種知識(shí)，條理分明、考訂嚴(yán)密，是漢魏以來(lái)本草學(xué)的一次較為全面的總結(jié)，并且標(biāo)志著綜合本草模式的初步確立，對(duì)本草學(xué)的發(fā)展影響很大。

　　《本草經(jīng)集注》原書(shū)已佚，僅存殘卷。今人尚志鈞根據(jù)殘存及《證類(lèi)本草》、《本草綱目》等輯復(fù)。

　　秦漢至南北朝時(shí)期，我國(guó)醫(yī)學(xué)理論體系形成，與之相應(yīng)，本草出現(xiàn)，并為藥學(xué)的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。《神農(nóng)本草經(jīng)》為現(xiàn)存最早的藥學(xué)專(zhuān)著，已具備了綜合本草的雛形；《本草經(jīng)集注》補(bǔ)充、發(fā)展，確立了較為完善的綜合本草模式。至此，本草學(xué)從基本理論、藥物分類(lèi)和藥物知識(shí)內(nèi)容均有了一定規(guī)模，初步形成體系，為本草學(xué)的發(fā)展充實(shí)打下了基礎(chǔ)，對(duì)后世影響極大。同期的其他本草，如淳于意《藥論》、《胎臚藥錄》、《李當(dāng)之本草》、《李當(dāng)之藥錄》、《吳普本草》、《藥對(duì)》等逐漸湮沒(méi)。

　　這一時(shí)期生產(chǎn)技術(shù)的發(fā)展帶動(dòng)了制藥技術(shù)的進(jìn)步。南朝劉宋時(shí)期雷敩著《炮炙論》，敘述藥物通過(guò)適宜的炮制，可以提高藥效，減輕毒性或烈性，系統(tǒng)總結(jié)了藥物的加工炮制技術(shù)，收錄了300種藥物的炮制方法，后世所稱炮制十七法，淵源于此。該書(shū)是我國(guó)第一部炮制專(zhuān)著，也標(biāo)志著本草學(xué)新分支學(xué)科的產(chǎn)生。

　　制藥化學(xué)，隨著煉丹術(shù)的盛行，其發(fā)展引人注目。東晉煉丹家葛洪所著《抱樸子》對(duì)煉丹的方法與所取得的成果作了全面、系統(tǒng)的闡述，對(duì)硫、鉛、雄黃、丹砂、硝石作了認(rèn)真的研究，不僅展示了許多化學(xué)反應(yīng)，也介紹了燒灼、升華、結(jié)晶、蒸餾、水浴等操作技術(shù)。后來(lái)的陶弘景也精通煉丹術(shù)，并有許多專(zhuān)著。有許多煉丹術(shù)的成果反映在本草學(xué)中，一些藥物如鉛膏藥、丹藥來(lái)源于煉丹術(shù)。中國(guó)古代煉丹術(shù)成為現(xiàn)代制藥化學(xué)的先驅(qū)。