果糖也有一些缺點，在應用中要對此有足夠的注意。

1）成本高于蔗糖

果葡糖漿的成本目前高于蔗糖。

而結晶果糖，由于生產工藝復雜，技術要求高，目前世界上只有少數(shù)國家能夠生產，成本比較高。

但果糖的成本與大多數(shù)糖醇類，低聚糖類都是可比的?？梢灶A見，隨著果糖產量的進一步提高，生產技術的進步，果糖的成本會不斷降低。

2）果糖不耐

人群中有少數(shù)遺傳性果糖不耐受者，在攝入果糖后會發(fā)生低血糖反應，并且腸胃不適。

3）需控制用量

果糖的攝入量不能過大。健康人每天果糖攝入量閾值為30～80 g （平均40g），過多攝入尤其是一次性過多攝入，會導致果糖吸收不良，引起腸胃反應。

另外果糖代謝吸收快，和葡萄糖一樣能轉化合成甘油三酯，過分攝入也會導致肥胖，高血脂。